綜合報道，埃及方面和俄方正在調查客機墜毀的原因，其中四大疑團待解。
一、飛機爲何「9000米急墜」？《航空知識》雜志社主編王亞南、中國商飛北京研究中心副主任王光秋等多位專家認爲，此次出事的飛機失聯時已達到9000米，接近萬米巡航高度，不算處于「高危時間」。據報，此次出事飛機在21秒內下降了1524米，由于墜落前「垂直降落」，導致大塊殘骸燒毀。《新京報》報道，王亞南認爲，這個下降速度很有可能是飛行員在進行某種操作後導致的，「比如，飛行員可能在發現客艙失壓後操作飛機快速下降，因爲高度低了乘客才能生存。」
二、能否排除恐怖襲擊？針對IS組織的聲明，俄羅斯交通部部長索科洛夫對媒體表示，「聲明是不正確的。」墜機所在的西奈半島地處埃及與巴勒斯坦加沙地帶以及以色列的交界地區，近幾個月來，埃及軍方在這一地帶發動軍事行動，打擊一個支持極端組織「伊斯蘭國」的武裝。中東問題專家李紹先表示，西奈半島的極端組織曾接受IS組織的資助，不過極端組織長期盤踞在西奈半島北部，而不是墜毀區域。
三、涉事飛機安全記錄如何？俄羅斯運輸部門則表示，對涉事航空公司的最後一次常規檢查中，發現其存在違反安全規定行爲，俄羅斯當局已對其就「違反適航及准備規定」展開刑事調查。此次出事的飛機機齡18年，對此，王光秋表示，這是正常的使用時間，只要嚴格按照要求維護保養，飛機沒有問題。
四、是否有其他人爲因素？涉事公司稱機長經驗豐富，不似人爲失誤致失事。科加雷姆航空公司發言人表示，「沒有理由」把此次墜機事故歸咎于人爲失誤。王亞南表示，從目前掌握的資訊看，此次俄羅斯的這次空難，可能還是屬于民航空難的大概率事件，即小的技術故障，加上人爲處置不當導致的空難。
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